Foi erguida sobre um rochedo junto ao mar em 1686.
Acredita-se que a origem do culto na Capela do Senhor da Pedra possa ter origem em um antigo culto pagão, de carácter naturalista, dos povos pré-cristãos, cujas divindades eram veneradas em plena natureza, tendo posteriormente sido convertido ao Cristianismo.
A romaria ao Senhor da Pedra é uma das mais tradicionais tanto de Vila Nova de Gaia como da freguesia de Gulpilhares. Realiza-se anualmente nas praias do Senhor da Pedra, no domingo da Santíssima Trindade, e prolonga-se até à terça-feira seguinte.